A passagem por Portugal de suspeitos com ligações a organizações de extremistas islâmicos tem sido referenciada nos últimos anos pelas autoridades portuguesas e referidas em relatórios.
Em 2006, segundo o Relatório de Segurança Interna (RASI) de 2007, registaram-se em Portugal «casos pontuais de deslocação de extremistas» islâmicos no país.
Portugal foi considerado «uma plataforma para a obtenção de apoio logístico» a estes grupos islâmicos, «tendo ocorrido, à semelhança do ano passado, casos pontuais de deslocação de extremistas», lê-se ainda no mesmo relatório.
Já em maio de 2007, Helena Rego, do Serviço de Informações e Segurança, num colóquio, em Lisboa, afirmou que Portugal tem sido usado por extremistas islâmicos, até da Al-Qaeda como país de passagem e onde praticaram crimes de fraude, falsificação de documentos e roubo.
Esses elementos, segundo descreveu a especialista em terrorismo, usaram o país como local de passagem, tendo sido detidos por vários crimes, entre eles fraude, falsificação de documentos e roubos.
Além do depósito de armas da ETA descoberto em 2010 e dos membros do IRA-Verdadeiro detidos em 2011, passaram por Portugal nos últimos anos alguns radicais islâmicos.
Dois exemplos são os de Sofiane Laib, um argelino condenado em 2004 por falsificação de documentos e expulso em 2006, e o de outro argelino, Samir Boussaha, suspeito de ligações à Al-Qaeda, detido em Portugal e expulso para Itália em 2007.
Segundo disse Helena Rego em 2007, durante o julgamento de Sofiane, em 2003, condenado por falsificação de documentos e não por suspeitas de terrorismo, a Direção de Investigação e Ação Penal concluiu que «elementos do grupo de Hamburgo [grupo da al-Qaeda responsável pelo ataque terrorista em Nova Iorque] deslocaram-se para Portugal ou Reino Unido na sequência dos atentados de 11 de Setembro de 2001».