No dia 8 de Julho de de 1964, o então Presidente da República, Américo Tomás, inaugurou o Aeroporto do Funchal. A obra, com uma pista de mil e seiscentos metros, representou um investimento de 180 mil contos. No primeiro voo comercial viajaram 80 passageiros.
Ao longo dos últimos 50 anos foram realizadas várias obras de modernização do aeroporto. A mais relevante concretizou-se em 2000. Em setembro desse ano, foi inaugurada a ampliação da pista que passou a ter quase 2800 metros de comprimento. Uma parte da pista foi construida sobre o mar. O projeto é da autoria do Engº. António Segadães Tavares que aproveitou um estudo realizado em 1980 pelo Engº Edgar Cardoso.
A ampliação da pista do Aeroporto da Madeira venceu o " Prémio Secil" em 2001 e em 2004 o Prémio Mundial de Engenharia de Estruturas.
Em 2002, foi inaugurado o novo terminal de Passageiros, com quarenta balcões de check-in e dezasseis portas de embarque.
Em 2012, o History Channel considerou o Aeroporto da Madeira como o nono mais perigoso do mundo por causa das características do local. Entendeu o History Channel que os aviões são sujeitos a correntes de ar fortes e imprevisíveis.